Chakotay igazs�g�rzete azt k�veteli, hogy adja fel Csillagflott�s karrierj�t �s �lljon be a Maquis-k k�z� 2370-ben. Ezen d�nt�se folyt�n v�letlen�l a Delta Kvadr�nsba ker�l �s �jra mag�ra �lti a Csillagflotta egyenruh�t 2371-ben, amikor csatlakozik a USS Voyager megmaradt leg�nys�g�hez Janeway kapit�ny els�tisztjek�nt.

Nem volt k�nny� ez a d�nt�s Chakotay sz�m�ra, de ez az egyetlen m�dja annak, hogy hazajuttassa leg�nys�g�t. A Voyageren t�lt�tt els� �vben Chakotay szembeker�l mind kor�bbi leg�nys�g�vel, mind pedig Janeway-jel, mik�zben mindenki az�rt k�zd, hogy b�k�sen �ljenek egy�tt.

Seska, aki kor�bban az � leg�nys�g�be tartozott �s akihez gy�ng�d sz�lak f�zt�k k�l�n�sen nagy probl�m�t jelent sz�m�ra, mivelhogy egy ellens�ges csapatot vezetett a Voyager ellen �s azzal zsarolja Chakotayt, hogy az � gyermek�t hordja. Ez hamisnak bizonyul, de az igazs�g kider�t�se sor�n majdnem v�get �r a Voyager hazafel� tart� �tja �s Chakotay is megv�ltozik.

Amikor 2372-ben Chakotay �s Janeway �gy t�nik, hogy �let�k v�g�ig a Delta Kvadr�ns egy bolyg�j�n marad, akkor �rtik meg emberk�nt �s nemcsak tiszt t�rsukk�nt egym�st. Amikor visszat�rnek a haj�ra a parancsnokl�s k�nnyebben meg tudj�k osztani.

Chakotay tov�bbra sem habozik ellentmondani a Janeway �ltal kigondolt terveknek. Chakotay gyakorlatias elm�je sz�m�ra Janeway szigor� ragaszkod�sa az Els�dleges Ir�nyelvhez, a Borgokkal k�tend� sz�vets�g a 8472-es faj ellen �s sz�mos egy�b terv a katasztr�f�t sejteti. Mindent megtesz, hogy t�mogassa parancsnok�t, de n�ha Tuvokhoz fordul tan�csok�rt Janeway elme�llapot�val kapcsolatban. Azonban Janeway cselekedetein kereszt�l Chakotay fel�leszti hit�t a Csillagflott�ban �s elveiben �s v�g�l megb�k�l azzal a F�der�ci�s politik�val, mely indirekt m�don felel�s volt apja hal�l��rt.

Chakotay m�lyen hisz amerikai �slakos indi�n �r�ks�g�ben, mely szerint a csal�d nagyon, nagyon fontos. Azonban Chakotay legs�t�tebb f�lelme az, hogy meg�r�l, ak�rcsak nagyapja. Ez a t�ma gyakran felt�nik v�zi�iban.

Chakotayt nagyon k�zeli bar�ts�g f�zi Janewayhez, de ez nem akad�lyozza meg abban, hogy komoly kapcsolatba ker�lj�n 2373-ben az ex-Borg Riley Frazier-rel, vagy Kellin-nel a Ramurai nyomk�vet�vel 2374-ben, vagy r�vid fl�rt�l�sbe kezdjen Valerie Archer-rel a 8472-es fajb�l 2375-ben. Nagyon szereti a kapit�nyt, de van egy hat�r, amit nem l�p �t.